Foi no dia 21 de dezembro de 1999 que o Athletico conquistou pela primeira vez uma vaga na Copa Libertadores. A classificação veio em torneio seletivo, disputado entre os time não classificados à segunda fase do Brasileiro e mais os clubes que iam sendo eliminados nas fases seguintes do nacional.
O torneio seletivo era disputado no sistema mata-mata e dava ao campeão a vaga direta na Libertadores de 2000. Era uma forma que a Confederação Brasileira de Futebol(CBF) encontrou para deixar os clubes eliminados em atividade e ainda estimular a disputa pela vaga na Libertadores. A Conmebol, a partir de 2000, aumentou o número de participantes por países na competição. Antes apenas o Campeão Brasileiro e da Copa do Brasil se classificavam.
Para chegar à vaga, o Athltetico superou o rival Coritiba, nas oitavas de final; Internacional, nas quartas; São Paulo, na semi; e, por fim, o Cruzeiro , na decisão.
No jogo de ida, na Arena da Baixada, em Curitiba, o Furacão venceu por 3 a 0, em tarde inspirada do atacante Lucas. Na volta, com a vantagem, o Rubro-Negro, mesmo derrotado por 2 a 1, ficou com o título.
Na Libertadores do ano seguinte, o Athletico ficou em primeiro lugar no seu grupo, mas caiu nas oitavas de final, nos pênaltis, ao perder para o Atlético-MG.